Fyrsti skólasetningardagur í Vatnsendaskóla var 22. ágúst 2005. Fyrsta veturinn voru um 120 börn í 1.-6. bekk í skólanum og á öðru starfsári voru nemendur um 200 talsins í 1.-8. bekk. Á þriðja starfsárinu voru nemendur um 270 í 1.-9. bekk og ári síðar voru þeir 317 1.-10. bekk. Í vetur, 2009-2010, verða nemendur skólans 355 en gert er ráð fyrir að þegar hverfin sem skólinn þjónustar (Þingahverfi og Hvörf) verða fullbyggð verði nemendur á bilinu 400 til 500.

Þegar skólinn tók til starfa haustið 2008 voru allar kennsluálmur fullbúnar. Aðeins á eftir að byggja síðasta hluta skólans en hann mun innihalda samkomulsal, tónlistarstofu, tölvustofu, félagsmiðstöð og íþróttahús með löglegri stærð af handboltavelli. Ekki liggur fyrir hvenær þær framkvæmdir munu fara af stað en þangað til fer íþróttakennsla skólans fram í Versölum og Kórnum. 

Í skólastarfinu er lögð áhersla á fjölbreytta kennsluhætti, einstaklingsmiðað nám og rannsóknar- og vettvangsnám. Gildi skólanámskrár eru byggð á virðingu, vináttu, samvinnu og skapandi starfi.

Skólinn stendur í hlíð sem hallar að Elliðavatni, einni helstu náttúruperlu höfuðborgarsvæðisins. Góðar forsendur eru fyrir hendi að tengja skólastarfið við umhverfið með virkum hætti. Göngustígur mun liggja frá skólanum niður að vatninu og tengjast stígakerfi sem opnar leið að fjölbreyttum náttúru- og útivistarsvæðum. Sérhönnuð náttúrufræði- og raungreinastofa verður í skólanum.

Vatnsendaskóli er einsetinn skóli og eftir að skóladegi lýkur gefst nemendum í 1. til 4. bekk kostur á að vera í Dægradvöl.

Opnunartími:

Skólinn opnar klukkan 7:50 á morgnana. Skrifstofa skólans opnar á sama tíma og er ritari við til klukkan 16:00 nema á föstudögum en þá er svarað til kl. 15:00.

Forföll nemenda: